Tesis doctoral de Alejandro Gómez Blanco
La principal forma en la que las bacterias responden a estímulos ambientales se realiza mediante los sistemas de dos componentes que consisten de una histidina kinasa y un regulador de respuesta. Phob es un activador transcripcional de este segundo tipo que controla la captación de fosfato en escherichia coli activando casi a 40 genes. Su estructura consiste en dos dominios: un dominio regulador fosforilable en un aspartato y un dominio efector de unión al dna y transactivador (phobe). Este último contacta con la subunidad sigma70 de la rna polimerasa para activar la transcripción. Dicha subunidad reconoce los promotores bacterianos de genes housekeeping y estructuralmente contiene 4 dominios. El dominio 4 es el que interacciona con phobe. el presente trabajo describe las estructuras critalográficas de phobe en su forma apo, unido a dna y unido al factor sigma70, además de diferentes experimentos bioquímicos para complementar la información estructural y entender los mecanismos de unión al dna y de activación de la transcripción. De esta forma, phobe contiene un dominio winged-helix que se une al dan como un dímero en tándem introduciendo las hélices de reconocimiento en el surco mayor del dan y los wings en el menor. El dna se halla curvado de forma suave 40º y la curvatura es debida a una comprensión del surco menor por parte del wing. Los contactos directos con las bases se establecen tanto por la hélice de reconocimiento por el wing. y expone lateralmente las zonas de interacción para unirse al domino 4 del factor sigma70. Experimentos con geles de retardo con promotores que contienen más de una pho box, muestran una unión jerárquica y cooperativa, de forma que la unión del primer dímero facilita la del segundo. Esto se explica por la presencia en la estructura del dímero proteína-proteína.
Datos académicos de la tesis doctoral «Análisis estructural y bioquímico de la unión al dna y la activación transcripcional de phob, el regulador de respuesta de un sistema de dos componentes bacteriano«
- Título de la tesis: Análisis estructural y bioquímico de la unión al dna y la activación transcripcional de phob, el regulador de respuesta de un sistema de dos componentes bacteriano
- Autor: Alejandro Gómez Blanco
- Universidad: Autónoma de barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 22/06/2006
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Miquel Coll Capella
- Tribunal
- Presidente del tribunal: joan ramon Daban balaña
- ramón Díaz orejas (vocal)
- ulrich Baumann (vocal)
- jordi Bernués martínez (vocal)