Tesis doctoral de Lino Garcia Tarres
La hidratación de solutos con superficies apolares en solución acuosa es un problema de gran interés en sistemas biológicos al intervenir en fenómenos tales como el ensamblado de miscelas y membranas y el plegado de las proteínas. la simulación por ordenador de éstos sistemas permite obtener información directa a nivel atómico que es difícil de obtener por medios experimentales. con objeto de reducir los tiempos de cómputo de las simulaciones, se ha llevado a cabo la paralelización del algoritmo que implementa la simulación por dinámica molecular empleando dos metodologías. La primera, está basada en el paradigma de «paso de mensajes» y la segunda en el uso de memoria compartida. El segundo método ofrece superiores prestaciones. se ha llevado a cabo la simulación por dinámica molecular de los iones tetrametilamonio (tma) y tetraetilamonio (tea) en agua. El análisis estructural revela la existencia de capas de hidratación bien formadas, de las cuales se ha estudiado la orientación y dinámica de las moléculas que la forman así como sus tiempos de residencia y números de hidratación. Las moléculas se orientan con el momento dipolar prácticamente tangencial al ión. Así mismo, presentan un menor coeficiente de autodifusión y mayores tiempos de reorientación que el agua pura; tal influencia es isotrópica. La capa de hidratación formada alrededor del ión tetraetilamonio presenta una subestructura en la que las moléculas de agua se situan en posiciones preferenciales más cercanas al átomo de nitrógeno del ión. La capa de hidratación del ión tea es más amplia, está más alejada del ión y tiene mayores tiempos de residencia que la del ión tma. se ha propuesto una generalización de la dinámica molecular restringida para obtener el potencial de fuerza media de iones poliatómicos, habiéndose aplicado al caso particular de las parejas de iones tma-cl y tmatma. para la pareja de iones tma-cl, se
Datos académicos de la tesis doctoral «Simulacion por dinamica molecular de iones poliatomicos en disolucion«
- Título de la tesis: Simulacion por dinamica molecular de iones poliatomicos en disolucion
- Autor: Lino Garcia Tarres
- Universidad: Politécnica de catalunya
- Fecha de lectura de la tesis: 19/01/2005
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Elvira Guardia Manuel
- Tribunal
- Presidente del tribunal: antoni Giró roca
- Gomez estevez Juan Luis (vocal)
- Francisco Javier Luque garriga (vocal)
- lourdes Vega fernández (vocal)