Tesis doctoral de Lorena Del Valle Pantano Rubiño
En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, seqbuster, para el análisis de datos de rna (srna) de pequeño tamaño generados por las nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la caracterización de variantes de los mirnas. Aplicamos la herramienta a datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abun- dancia de isomirs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases conocidas de otros srnas y de nuevos srnas con funciones desconocidas. También estudiamos la implicación de los mirnas e isomirs en el desarrollo y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de huntington. Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de secuencia de los mirnas, con probables consecuencias en la regulación de la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último, seqbuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos srnas con una posible función en determinados procesos biológicos.
Datos académicos de la tesis doctoral «Full characterization of the small rna transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of mirna variability in eukaryote organisms«
- Título de la tesis: Full characterization of the small rna transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of mirna variability in eukaryote organisms
- Autor: Lorena Del Valle Pantano Rubiño
- Universidad: Pompeu fabra
- Fecha de lectura de la tesis: 26/09/2011
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Eul?lia Martí
- Tribunal
- Presidente del tribunal: eduardo Eyras jimenez
- marc Friedlí¤nder (vocal)
- (vocal)
- (vocal)