Tesis doctoral de Ignacio Bermudez Herrojo
Los psoralenos son compuestos planos tricíclicos que se pueden intercalar en el dúplex de dna. La intercalación ocurre preferentemente en regiones libres de proteínas y es muy sensible a la tensión helicoidal del dna. Mediante irradiación uv, los complejos dna-psoraleno se convierten en enlaces covalentes entre las dos hebras del dna. Nuestro objetivo es obtener una serie de novedosos perfiles de la topología del dna mediante el mapeo de la distribución de los sitios de foto-enlace dna -psoraleno a lo largo del genoma de s. Cerevisiae; a continuación analizar cómo estos perfiles cambian en diferentes mutantes en topoisomerasas y cómo correlacionan con otros elementos funcionales o estructurales. Los cultivos de levadura se incubaron con psoraleno y se irradiaron para producir pocos foto-enlaces (1/10 kb) en dna cromosómico. Los fragmentos con foto-enlace dna-psoraleno se seleccionaron mediante una digestión secuencial con exonucleasas y marcados radiactivamente para su posterior hibridación en chips de dna genómico. Como se esperaba, la distribución genómica de foto-enlaces producida in vivo difería notablemente con la obtenida en un dna sin tensión helicoidal ni unión de proteínas in vitro. Numerosas regiones cromosómicas presentan patrones de foto-enlace dna -psoraleno significativamente desviados de la distribución global, que posiblemente reflejan dominios topológicos o estructurales de la cromatina. La inactivación de la topoisomerasa ii en células dtop- top2-ts producen cambios drásticos en el foto-enlace dna-psoraleno en regiones muy particulares de los cromosomas iv y ix, los cuales están delimitados por elementos boundaries. Cuando se compararon los perfiles de foto-enlace con los generados mediante ensayos de genomic run on llevados a cabo en las mismas células, no se encontraron correlaciones sistemáticas con la actividad transcripcional. Estos estudios de transcripción revelaron, sin embargo, que todos los genes reprimidos al inactivar la topoisomerasa ii comparten una arquitectura especial en sus promotores. Tienen un nucleosoma muy bien posicionado en la región anterior al sitio de inicio de la transcripción. Los ensayos a escala genómica de la topología del dna y de la función de las topoisomerasas proporcionan novedosas aportaciones para resolver los mecanismos de organización en ordenes superiores de la cromatina y de la regulación de la expresión génica.
Datos académicos de la tesis doctoral «Implicaciones funcionales de la topoisomerasas de dna en s. cerevisiae: analisis genomico mediante chips de dna«
- Título de la tesis: Implicaciones funcionales de la topoisomerasas de dna en s. cerevisiae: analisis genomico mediante chips de dna
- Autor: Ignacio Bermudez Herrojo
- Universidad: Barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 17/06/2008
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Joaquim Roca Bosch
- Tribunal
- Presidente del tribunal: benjamí Piña capó
- José Garcia (vocal)
- josep Portugal (vocal)
- christoforos Nikolaou (vocal)