Tesis doctoral de Hagen Tilgner
El «splicing» de las moléculas de arn es el proceso por el que las secuencias intercalares («intrones») en el transcrito primario se cortan, y las secuencias restantes («exones») se concatenan para formar el arn maduro. La evidencia reciente muestra que casi todos los genes empalmados se ven afectados por «splicing» alternativo. A continuación, se define la longitud mínima de oligómeros de arn que razonablemente se puede llamar «splicing factor binding sites». a continuación, se explora la capacidad de estos oligómeros para predecir estructuras completas exón-intrón. Destacamos los oligómeros que son más informativos para esto y mostramos que la misma precisión, como en los enfoques anteriores, se puede lograr con menos oligómeros de arn. La observación que este enfoque no llega a predecir toda la estructura exón-intrón nos llevó a investigar determinantes vinculados con el «splicing» cotranscripcional. Demostramos que los nucleosomas se colocan preferentemente en los exones y proponemos la hipótesis de que juegan un papel en las decisiones de «splicing». A continuación, introducimos el «índice de splicing completado» y concluimos que el «splicing» cotranscripcional es muy generalizado en los seres humanos. Además el «splicing» cotranscripcional tiene relación con la organización de la cromatina. A la luz de estos resultados miramos cambios de la cromatina en los exones incluidos diferencialmente entre dos tejidos. Encontramos una gran variedad de marcas de las histonas, pero no todas, mostrando un comportamiento significativamente diferente en los exones alternativos. Las marcas más prominentes que aparecen son h3k9ac y dos estados de metilación de la lisina 4.
Datos académicos de la tesis doctoral «Modelling splicing«
- Título de la tesis: Modelling splicing
- Autor: Hagen Tilgner
- Universidad: Pompeu fabra
- Fecha de lectura de la tesis: 02/06/2011
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Roderic Guigó Serra
- Tribunal
- Presidente del tribunal: christopher Smith
- eduardo Eyras jimenez (vocal)
- (vocal)
- (vocal)