Tesis doctoral de José Manuel Mas Benavente
El objetivo general de esta tesis se enmarca en un proyecto más amplio de ingeniería que trata de analizar y rediseñar la estructura, camino de plegamiento, función natural y aplicaciones biotecnológicas de una proteína, el pci (potato carboxypeptidase inhibidor). Las características estructurales de esta proteína, esencialmente sus puentes de azufre, nos invitaron a realizar un estudio general en proteínas ricas en puentes de azufre. Para realizar este análisis se desarrollaron los siguientes puntos: 1. Se abordó el diseño y creación de un programa para el análisis estructural de topologías disulfuro en proteínas ricas en puentes de azufre(knot-match). Este programa lleva implementado un algoritmo que permite la comparación espacial de los puentes de azufre de las proteínas. 2. Se completó el anterior programa con los algoritmos necesarios para obtener una clasificación automática de proteínas ricas en puentes de azufre, es decir, se implementaron los algoritmos de agrupación de proteínas. 3. Finalmente, se introdujeron las herramientas necesarias para obtener superposiciones de proteínas basadas en la topología de sus puentes de azufre a fin de permitir análisis estructurales más completos. el programa knot-match(http://luz.Uab.Es) nos permitió extraer las siguientes conclusiones: 1. Se establecieron métodos algoritmos matemáticos para superponer estructuralmente proteínas ricas en puentes de azufre. 2. Se determinó que la topología de puentes de azufre de una proteína muestra ciertas regularidades entre proteínas aparentemente no relacionadas. Esto nos permitió relacionar estructuralmente proteínas que por los métodos clásicos no hubiera sido posible. 3. Se ha establecido una clasificación preliminar de proteínas basada en la topología de sus puentes de azufre. Se ha propuesto la redefinición del grupo de proteínas conocido como t-knot agrupando las definiciones dadas por diversos autores. 4. Se han predicho los determinantes estructurales que permiten explicar el efecto antagonista del pci al egf (factor de crecimiento epidérmico) al unirse a los receptores egfr y se han realizado los análisis previos a la construcción de una quimera pci-egf: posteriormente a este análisis hemos desarrollado un programa fol.-Scope que permite la comparación de esqueletos polipeptídicos de proteínas utilizando métodos de visión por computación. Estos algoritmos permiten eliminar errores clásicos de las metodologías utilizadas parala superposición de estructuras, aumentar la eficiencia de cálculo para este cometido y disponer de un algoritmo eficiente para comparar elementos subestructurales y esqueletos polipeptídicos de proteínas.
Datos académicos de la tesis doctoral «Comparacion computacional de estructuras de proteinas. aplicacion al estudio de un inhibidor de carboxipeptidasa como agente antitumoral«
- Título de la tesis: Comparacion computacional de estructuras de proteinas. aplicacion al estudio de un inhibidor de carboxipeptidasa como agente antitumoral
- Autor: José Manuel Mas Benavente
- Universidad: Autónoma de barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 22/06/2001
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Francesc Xavier Avilés Puigvert
- Tribunal
- Presidente del tribunal: esteve Padrós morell
- baldomero Oliva Miguel (vocal)
- Rafael De llorens duran (vocal)
- angel Mozo villarias (vocal)