Tesis doctoral de Loris Mularoni
Las repeticiones en tándem de amino ácidos, también conocidas como extensiones homopoliméricas o homopéptidos, son elementos muy comunes en genomas eucariotas y están presentes en casi el 20% de las proteínas codificadas por el genoma humano. Al principio de los años 90 estas estructuras atrajeron mucha interés, ya que se descubrieron distintas enfermedades neurodegenerativas asociadas a mutaciones que implicaban la expansión de repeticiones en tándem de amino ácidos. A pesar de su abundancia se conoce relativamente poco sobre sus consequencias funcionales. Se han propuesto dos escenarios, en uno de ellos se les considera estructuras neutras, generadas por «slippage» y eventualmente toleradas en las proteínas si no alteran su función. A pesar de eso, un número creciente de artículos proponen que las repeticiones en tándem de amino í cidos podrían jugar un papel importante en la función y/o esctructura de las protínas. Así pues, un segundo escenario implicaría el efecto de la selección en un número significativo de repeticiones. Por ejemplo, se ha descrito que las repeticiones en tándem de amino ácido son especialmente abundantes en factores de transcripción y proteínas que tienen un papel importante durante el desarrollo, donde podrían potencialmente modular interacciones proteína-proteína, ejercer algún efecto en la actividad transcripcional de los genes donde están localizados, o actuar como espaciadores entre diferentes dominios proteicos. Además, diferentes estudios han relacionado cambios en el tamaño de las repeticiones con procesos del desarrollo. El objetivo de esta tesis ha sido incrementar los conocimentos de la dinámica con la cual evolucionan las repeticiones en tándem de amino ácido, mediante el estudio de diferentes mutaciones que tienen lugar en los amino ácidos del proteoma humano, el estudio de la relación entre variabilidad y abundancia de las repeticiones en tándem de amino ácido y la taxa evolutiva de la proteína, así como el análisis de su conservación y distribución, tanto en secuencias codificantes como no codifcantes, utilizando diferentes genomas de vertebrados. La integración de este abordaje nos permitirá esbozar un modelo evolutivo de estas estructuras.
Datos académicos de la tesis doctoral «Comparative genomics of amino acid tandem repeats«
- Título de la tesis: Comparative genomics of amino acid tandem repeats
- Autor: Loris Mularoni
- Universidad: Pompeu fabra
- Fecha de lectura de la tesis: 28/07/2008
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- María Del Mar Alba Soler
- Tribunal
- Presidente del tribunal: john Hancokc
- francesc Calafell (vocal)
- cedric Notredame (vocal)
- lluís Armengol dulcet (vocal)