Tesis doctoral de Genís Parra Farré
El trabajo que aquí se presenta, estudia el reconocimiento de las señales que delimitan y definen los genes que codifican para proteínas, así como su aplicabilidad en los programas de predicción de genes. La tesis que aquí se presenta, también explora la utilización de la genómica comparativa para mejorar la identificación de genes en diferentes especies simultáneamente. también se explica el desarrollo de dos programas de predicción computacional de genes: geneid y sgp2. el programa geneid identifica los genes codificados en una secuencia anónima de dna basandose en sus propiedades intrínsecas (principalmente las señales de splicing y el uso diferencial de codones).Sgp2 permite utilizar la comparación entre dos genomas, que han de estar a una cierta distancia evolutiva óptima, para mejorar la predicción de genes, bajo la hipótesis que las regiones codificantes están más conservadas que las regiones que no codifican para proteínas. Estos dos programas se han utilizado para la anotación de diferentes especies en el contexto de consorcios internacionales de secuenciación y anotación. Entre las colaboraciones más importantes en las cuales se ha utilizado geneid se pueden destacar: la anotación del genoma de dyctiostelium discoideum y del genoma de tefraodon nigroviridis. con el programa sgp2, se puede destacar la anotación del genoma de ratón y el del pollo. Este trabajo también incluye colaboraciones con grupos experimentales y computacionales, la cual cosa ha permitido la coordinación de métodos bioinformáticos y la validación experimental de muchos genes humanos anteriormente desconocidos.
Datos académicos de la tesis doctoral «Computational edentification of genes: ab initio and comparative approaches«
- Título de la tesis: Computational edentification of genes: ab initio and comparative approaches
- Autor: Genís Parra Farré
- Universidad: Pompeu fabra
- Fecha de lectura de la tesis: 03/12/2004
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Roderic Guigó Serra
- Tribunal
- Presidente del tribunal: Antonio Marín rodríguez
- david Torrents arenales (vocal)
- alexandre Sanchez pla (vocal)
- moisés Burset albareda (vocal)