Tesis doctoral de Johanna Scheper Sigmund
Introducción: la ubiquitinación es una modificacion post-traduccional de las proteinas.Durante mucho tiempo se reyó que era una modificación limitada a señalizar para la degradación de proteinas a través del proteasoma.Recientemente se ha visto que también puede verse implicada en otros procesos celulares tales como el tráfico vesicular, la reparación de dna, la transcripción…Etc. mecanismos de catálisi de la ubiquitina: se da en tres pasos enzimáticos catalizados por una e1 o enzima activadora de ubiquitinas, una e2 o enzima conjugadora de ubiquitinas, y una e3 o ligasa de ubiquitinas. Primero la e1 activa la ubiquitina en un mecanismo atp dependiente y una vez ésta se encuentra activada es transferida a una e2 que seguidamente la conjugará al substrato aportado por la e3. particularidades de la ubiquitinación por lisina 63: este proceso difiere del canónico o estandart porque consiste en la formación de cadenas de poliubiquitinas unidas por enlaces isospetídicos entre la glicina 76 de la ubiquitina donadora y la lisina 63 de la ubiquitina aceptora en vez de la lisina en posición 48 que es la que utiliza la ruta canónica y que señaliza para degradación por proteasoma.Este tipo de modificación es llevado a cabo por el heterodímero ubc13-uev y tiene sus efectos en rutas como la de nf-kb o en reparación de dna. objetivos del trabajo: 1) diseñar un inhibidor del heterodímero ubc13-uev 2) identificar proteinas que interactuan con ubc13 utilizando análisis de características en común de las interacciones observadas. resultados: se realizó un cribaje de una quimioteca de peptoides utilizando la tecnica del doble híbrido en levadura. De las mezclas de peptoides testadas se pudo deducir 4 posibles peptoides individuales capaces de inhibir la interacción de ubc13 y uev. Estos peptoides fueron utilizados en una selección computacional para diseñar moleculas mas rígidas que derivaran de ellas y que encajaran bien en la superfic
Datos académicos de la tesis doctoral «Ubc13: computational and experimental studies of its two major interaction surfaces«
- Título de la tesis: Ubc13: computational and experimental studies of its two major interaction surfaces
- Autor: Johanna Scheper Sigmund
- Universidad: Autónoma de barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 26/03/2007
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Timothy Thomson Okatsu
- Tribunal
- Presidente del tribunal: aaron Ciechanover
- Manuel Rodríguez (vocal)
- Fernando Albericio palomera (vocal)
- mario Mencía (vocal)