Tesis doctoral de Violeta Isabel Pérez Nueno
Los inhibidores de entrada del vih han surgido recientemente como una nueva generación de fármacos antiretrovirales, los cuales bloquean la unión del virus con los co-receptores de membrana cxcr4 y ccr5. Se han desarrollado diversas moléculas pequeñas antagonistas de estos co-receptores, algunas de las cuales están actualmente en fase de ensayo clínico. Sin embargo, dado que no existen estructuras cristalográficas para estos co-receptores proteicos, es necesario analizar los modos de unión de inhibidores conocidos a la cavidad de unión extracelular de los co-receptores mediante experimentos de mutagénesis dirigida y estudios computacionales. En general, el objetivo de estas aproximaciones computacionales es cribar un gran número de compuestos candidatos a fármacos rápidamente. El cribado virtual se ha convertido recientemente en un complemento útil de los métodos de cribado experimentales high-throughput screening para grandes librerías de compuestos. Por lo tanto, en esta tesis se ha llevado a cabo un protocolo de cribado virtual, mediante aproximaciones basadas en el receptor y en ligandos activos conocidos, con el fin de encontrar antagonistas de cxcr4 y ccr5 que puedan servir como potenciales inhibidores de entrada del vih. para el cribado virtual basado en el receptor, se han mejorado los modelos de los co-receptores cxcr4 y ccr5 construidos en la sección de diseño molecular del iqs, y se han llevado a cabo ensayos preliminares de modo de unión utilizando estos modelos y ligandos conocidos de elevada afinidad. Asimismo, se ha analizado el comportamiento en el cribado virtual y en el post-procesado de resultados de docking de diferentes fingerprints de interacción en comparación con los resultados obtenidos por un nuevo fingerprint de interacción (apif) desarrollado en la sección de diseño molecular del iqs. para el cribado virtual basado en ligandos, se han comparado modelos farmacofóricos y diversas aproximaciones basadas en la forma y propiedades moleculares utilizando ligandos de elevada afinidad como moléculas de referencia. Además, se ha desarrollado una nueva aproximación basada en la forma molecular, la cual se ha utilizado para estudiar en profundidad la hipótesis de la multi-región de unión de la cavidad de unión extracelular del co-receptor ccr5. todos los métodos, ya sean basados en el receptor o en ligandos conocidos, se han aplicado en primer lugar de manera retrospectiva utilizando una extensa base de datos de inhibidores de cxcr4/ccr5 y supuestos inactivos, similares en propiedades a los activos, recopilada en esta tesis. Para cada receptor, la quimioteca ha sido cribada utilizando inhibidores conocidos, se han analizado los factores de enriquecimiento y la diversidad en las listas finales de hits. Además, se han llevado a cabo análisis roc para ambos inhibidores de cxcr4 y ccr5 con el fin de comparar la habilidad del nuevo algoritmo basado en la igualdad de formas de ligandos con el resto de aproximaciones de cribado utilizadas. una vez validadas las diferentes aproximaciones de cribado y seleccionados los mejores parámetros para cada una de ellas, se han aplicado las herramientas de cribado virtual de manera prospectiva sobre una quimioteca combinatoria diseñada en la sección de diseño molecular del iqs, así como técnicas de diseño de novo de ligandos para identificar nuevos bloqueadores de la entrada del vih a las células.
Datos académicos de la tesis doctoral «Herramientas de cribado virtual aplicadas a inhibidores de entrada del vih. diseño de nuevos compuestos anti-vih«
- Título de la tesis: Herramientas de cribado virtual aplicadas a inhibidores de entrada del vih. diseño de nuevos compuestos anti-vih
- Autor: Violeta Isabel Pérez Nueno
- Universidad: Ramón llull
- Fecha de lectura de la tesis: 25/05/2009
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Jordi Teixidó Closa
- Tribunal
- Presidente del tribunal: lluís Comellas riera
- bernard Maigret (vocal)
- jordi Mestres lopez (vocal)
- Elena Escubedo rafa (vocal)