Tesis doctoral de Raúl Fernández López
Los plásmidos conjugativos son uno de los elementos fundamentales en la transferencia genética horizontal entre bacterias gram-negativas. Gracias a este proceso, genes que confiere ventajas adaptativas pueden distribuirse rápidamente entre las poblaciones bacterianas, tal es el caso de la resistencia a antibióticos. R388 es el plásmido conjugativo natural más pequeño caracterizado hasta la fecha y constituye un modelo experimental de referencia en el estudio de la conjugación bacteriana. El objetivo del presente proyecto es estudiar a tres niveles la arquitectura genómica de este plásmido: 1,- genómica, estudiando su organización genética y los elementos conservados entre plásmidos de su misma familia y de otras familias estudiadas. 2,- evolución. Determinando cuáles son las características fundamentales de la evolución en genomas plasmídicos. 3,- regulación. Estudiar la presencia de redes de regulación propia y su interacción con el genóma hospedador. la hipótesis de partida de este proyecto es que los plásmidos conjugativos constituyen genomas organizados, que poseen una arquitectura, una evolución y unas redes de regulación que le son características, y que, aunque fuertemente dependientes del genóma hospedador, tienen una gran autonomía. la metodología a emplear para bordar el presente proyecto se engloba en dos tipos de técnicas distintas: 1,- técnicas de biología molecular: secuenciación del genoma, clonación de promotores y de proteínas reguladoras. Determinación del as unidades transcripcinales del plásmido. Obtención de perfiles de expresión mediante fusiones con gfp y el sistema lux. Determinación de niveles de actividad de promotores mediante pcr cuantitativa. Determinación del efecto de genes reguladores. 2,- técnicas bioinformáticas: anotación y análisis de la secuencia. Elaboración de árboles filogenéticos. Análisis de los módulos básicos de regulación den el
Datos académicos de la tesis doctoral «Genómica, evolución y redes de regulación del plásmido r388«
- Título de la tesis: Genómica, evolución y redes de regulación del plásmido r388
- Autor: Raúl Fernández López
- Universidad: Cantabria
- Fecha de lectura de la tesis: 11/05/2007
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Fernando De La Cruz Calahorra
- Tribunal
- Presidente del tribunal: andres Moya simarro
- Juan Fernando Poyatos adeva (vocal)
- victor De lorenzo prieto (vocal)
- alejandro Mira obrador (vocal)