Tesis doctoral de Isabel Perez Martinez
Durante los últimos años, se ha producido un progreso considerable en el conocimiento de las enfermedades de plantas herbáceas causadas por pseudomonas fitopatógenas, sin embargo, los estudios dirigidos al análisis genómico funcional de bacterias fitopatógenas que afectan a árboles frutales son escasos. Este tipo de análisis se encuentra limitado, sobre todo, por la carencia de cepas patógenas modificables genéticamente. En este sentido, la tuberculosis del olivo, bacteriosis causada por pseudomonas savastanoi pv. Savastanoi (psv), no es una excepción. Para la selección de cepas de psv modificables genéticamente, se determinó la capacidad de una colección de cepas de recibir adn exógeno mediante técnicas de transferencia de genes (conjugación, transformación, transducción, etc). Además, se comprobó la validez de transposones derivados de mini-tn5 como herramientas moleculares en este patógeno; cuatro cepas fueron seleccionadas por su accesibilidad a manipulación genética. La mayoría de las bacterias fitopatógenas pertenecientes al género pseudomonas contienen plásmidos nativos que codifican determinantes relacionados con la virulencia y supervivencia epifítica de estas cepas y que están englobados dentro de la familia del plásmido ppt23a (pfp). Psv contiene este tipo de plásmidos pero, sin embargo, la información codificada en ellos es prácticamente desconocida. Se planteó, por tanto, llevar a cabo un análisis genómico global de 32 plásmidos aislados de diez cepas de este patógeno. El número de pfps por cepa varió entre uno y cuatro y, además, la mayoría de las cepas contenían al menos un plásmido no perteneciente a esta familia (n-pfp). El análisis de las hibridaciones con un macroarray de adn, compuesto por 135 genes pertenecientes a otros pfps secuenciados, reveló la presencia en los plásmidos de psv de genes relacionados con la biosíntesis de fitohormonas, auxinas y citoquininas, mayoritariamente en pfps aunque también en n-pfp. La mayoría de estos plásmidos de psv hibridaron también con genes codificadores del sistema de secreción tipo iv (t4ss) (tipo a y b), con al menos un gen codificador de un efector putativo del sistema de secreción tipo iii (ttss), con una gran variedad de otros genes de virulencia, y con uno o más genes codificadores de transposasas pertenecientes a secuencias de inserción. Estos resultados sugieren que los plásmidos no pertenecientes a la familia pfp también podrían contribuir a la virulencia y adaptación ecológica de psv. Para el estudio, más en profundidad, de la implicación en virulencia de los plásmidos de psv, se seleccionó como cepa de referencia al aislado ncppb 3335 (psv48) por su virulencia en olivo y sus características genéticas previamente estudiadas. Hibridaciones de estos plásmidos con el macroarray de adn mencionado reveló que ppsv48a y ppsv48b contienen al menos un gen codificador de un efector del ttss, genes implicados en la biosíntesis del t4ss, y varias secuencias de inserción. El plásmido ppsv48a contiene también ptz, involucrado en la biosíntesis de citoquininas. Por el contrario, ppsv48c contiene pocos genes homólogos a los descritos en pfps de p. Syringae. La curación en psv48 de uno de sus plásmidos (ppsv48a) y de dos (ppsv48a y ppsv48b, tuvo como consecuencia en ambos casos una reducción de la virulencia en olivo. Dada la implicación en virulencia del plásmido ppsv48a, se decidió analizar más en profundidad su contenido genético mediante secuenciación. Se ha obtenido una secuencia de nucleótidos que cubre aproximadamente el 69% del tamaño estimado para este plásmido con un contenido gc del 57.7% muy similar al contenido medio de otros plásmidos pfp de p. Syringae. La anotación de la secuencia obtenida reveló la existencia de al menos 41 marcos abiertos de lectura (orfs) en ppsv48a, estos plásmidos, un 25% en conjugación (sistema de secreción tipo iv), un 7% con la virulencia y ecología, un 7% con factores de transcripción, un 12% con secuencias de inserción, un 22% con funciones hipotéticas y un 5% con funciones de otros tipos. Los resultados indican, además, que ppsv48a se ha originado probablemente en varios pasos en los que han intervenido más de un plásmido. Los resultados obtenidos en esta tesis constituyen las bases necesarias para llevar a cabo un análisis genómico funcional de un importante patógeno del olivar.
Datos académicos de la tesis doctoral «Analisis genomico global de plasmidos de pseudomonas savastanoi pv. savastanoi«
- Título de la tesis: Analisis genomico global de plasmidos de pseudomonas savastanoi pv. savastanoi
- Autor: Isabel Perez Martinez
- Universidad: Málaga
- Fecha de lectura de la tesis: 06/11/2007
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Cayo Juan Ramos Rodriguez
- Tribunal
- Presidente del tribunal: Jesús Murillo Martinez
- emilia Lopez solanilla (vocal)
- george w. Sundin (vocal)
- María milagros López gonzález (vocal)