Tesis doctoral de Ekaterina Akatova
Este trabajo se ha enfocado al análisis y la caracterización de las comunidades microbianas que se desarrollan en la necrópolis de carmona (sevilla) mediante técnicas moleculares. El estudio se centró fundamentalmente en casos graves de deterioro, observados en las tumbas. los resultados obtenidos durante este trabajo han dado lugar a las siguientes conclusiones generales: 1. La necrópolis de carmona es un conjunto arqueológico excavado en la roca. Este ambiente subterráneo se caracteriza por tener una circulación de aire limitada, una elevada humedad relativa y una muy baja iluminación solar, siendo esta el factor limitante para el crecimiento de microorganismos fototróficos. 2. En este estudio se ha utilizado la técnica de extracción de adn, pcr y dgge e identificación de las bandas obtenidas y los datos se ha comparado con los obtenidos mediante observación directa a la lupa y microscopio óptico. Los resultados de las técnicas moleculares revelaron que el único género que coincide con la observación microscópica es chroococcidiosis sp., Que a su vez, es el más abundante en ambos casos. La correspondencia de bandas de dgge con homólogos no cultivables, que en casos llega hasta un 99 %, indica que la base de datos de cianobacterias es bastante incompleta y que los estudios de biología molecular, a día de hoy, no son superiores ni justifican su exclusiva utilización frente a los datos obtenidos por observación directa de un taxónomo. Ello es facilmente comprensible ya que con muestras naturales, como las de las tumbas de la necrópolis, nos enfrentamos incluso a la presencia de posibles nuevas especies que, obviamente, no están descritas ni depositadas en la base de datos. 3. Comparando las comunidades fototróficas desarrolladas en el interior de varias tumbas, se observó que la del mausoleo circular es distinta a la de la tumba de las cuatro columnas y a la de la tumba de las guirnaldas, en sus perfiles generales o huellas dgge, aunque coinciden varias de las bandas. Las comunidades fototróficas de las tumbas son diferentes entre ellas e incluso, la abundancia relativa de algunos de sus miembros depende del microclima, la orientación y situación en la propia tumba. 4. Basándose en el número de filotipos detectados en este estudio, el análisis por dgge muestra que podría ser un buen método descriptivo, si todos estos pudieran ser identificados, lo que no ocurre así. Sin embargo, la utilidad de las técnicas moleculares se ha demostrado en el estudio comparativo de la estabilidad de la comunidad a lo largo de los años, por lo que la técnica de dgge es útil para obtención de huellas o perfiles de comunidades y seguir su evolución temporal. 5. La restauración y limpieza de las tumbas de la necrópolis fue poco efectiva en lo que respecta a la eliminación de las comunidades microbianas. Ello se comprueba con los análisis efectuados sólo dos semanas después del tratamiento, ya que aparece una abundante comunidad microbiana, detectandose cuatro divisiones: proteobacteria, bacteroidetes, actinobacteria y cyanobacteria, frente a sólo dos, firmicutes y bacteroidetes, existentes en la muestra recogida antes de la limpieza. 6. La aplicación del cloruro de benzalconio como biocida en los trabajos de restauración y limpieza supuso una fuente de carbono y nitrógeno adicional para los microorganismos, ya que el biocida se descompone biótica y abióticamente produciendo entre sus productos de degradación ácido benzóico, amonio, benzilaminas, etc. Compuestos facilmente utilizables. La presencia de la betaproteobacteria ralstonia pickettii en la muestra tomada después de la limpieza es significativa, ya que esta misma bacteria es la segunda más abundante en la cueva de lascaux, sometida durante tres años a tratamientos intensivos con cloruro de benzalconio. 7. Las comunidades microbianas de las muestras de eflorescencias resultaron relativamente complejas. Las chloroflexi representaron casi la mitad de las secuencias de adn detectadas en la tumba de servilia, pero sorprendentemente este grupo no se encontró metabólicamente activo, aún a pesar del elevado número de secuencias estudiadas. Dentro de la comunidad activa de la misma muestra la división proteobacteria fue la más característica y estaba representada por gammaproteobacteria, betaproteobacteria y alphaproteobacteria. La división proteobacteria fue la más diversa en la genoteca de arn (con 15 otus), mientras que la división actinobacteria lo era en la genoteca de adn (12 otus), indicando ello la precaución que hay que tener a la hora de discutir el papel de las distintas comunidades y su función en un determinado nicho. 8. La presencia de manchas violetas en las paredes del mausoleo circular está producida por pigmentos difusibles originados por especies de streptomyces. En tales manchas también están abundantemente representadas especies del género rubrobacter. Destaca la asociación de cianobacterias y actinobacterias en estas manchas, pareciendo existir una relación entre brasilonema bromeliae, rubrobacter y diversas especies de streptomyces. 9. Se han aislado dos cepas de rubrobacter de las tumbas de servilia y postumio. Los análisis moleculares y fenotípicos sugieren que nuestros aislamientos son diferentes de las tres cepas tipo de rubrobacter, previamente descritas, aisladas de ambientes termófilos, y que podrían representar nuevas especies. Sin embargo, para confirmar estos resultados son necesarios estudios taxonómicos más completos.
Datos académicos de la tesis doctoral «Estudio comparativo de las comunidades microbianas en las tumbas de la necrópolis de carmona basado en técnicas de biología molecular«
- Título de la tesis: Estudio comparativo de las comunidades microbianas en las tumbas de la necrópolis de carmona basado en técnicas de biología molecular
- Autor: Ekaterina Akatova
- Universidad: Sevilla
- Fecha de lectura de la tesis: 25/11/2009
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Cesáreo Saíz Jiménez
- Tribunal
- Presidente del tribunal: manuel Megías guijo
- sergio Sánchez moral (vocal)
- verónica Rodriguez nava (vocal)
- María concepcion Hernandez marine (vocal)