Tesis doctoral de Mónica Jara Ramírez
Estudios previos llevado a cabo en nuestro laboratorio han analizado el contenido del regulón lexa de las gamma proteobacterias (erill et al., 2003). Siguiendo la misma linea, el presente trabajo pretende ampliar la descripción de dicho regulón a otras familias del dominio bacteria: geobacter sulfurreducens, como representante del grupo desulfuromonas, perteneciente a la subdivisión delta de las proteobacterias: fusobacterium nucleatum, del phylum fusobacteria; microorganismos pertenecientes a la clase alfa de proteobacterias y bacterias gram positivas. en primer lugar, se procedió a determinar las cajas de unión a lexa de los microorganismos g.Sulfurreducens y f.Nucleatum, para lo cual se clonaron y secuenciaron sus respectivos genes lexa. Tras sobreexpresar y purificar las respectivas proteínas se procedió a realizar ensayos de retraso electroforético y de footprinting, con lo que se definieron ambos motivos de unión a lexa: ggtt n2 c n4 g n3 acc para g.Sulfurreducens y tgtatc n12 taca para f.Nucleatum. a continuación, se estudió in silico la distribución de los motivos descritos en cada genoma. En ambos casos el único gen, a parte del lexa, que resultó estar bajo control de la proteína lexa el fen dinb. En g.Sulfurreducens el gen reca, además de no poseer el motivo lexa y de no unirse a dicha proteína, presentó una expresión constitutiva frente al daño en el dna. por el contrario, el gen reca de f.Nucleatum es inducible por lesiones en el dna aunque no está regulado directamente por lexa. una vez descritos estos dos microorganismos se abordó el estudio de microorganismos pertenecientes a la clase alfa de las proteobacterias y a las bacterias gram positivas. Dado que las cajas lexa de estos microorganismos ya se conocían, se procedió a buscar dichos motivos en sus genomas. Una vez analizados los resultados biocomputaiconales, se procedió en cada caso a validar dichos resultados experimentalmente escogiendo
Datos académicos de la tesis doctoral «Análisis de la composición del regulón lexa en el dominio bacteria«
- Título de la tesis: Análisis de la composición del regulón lexa en el dominio bacteria
- Autor: Mónica Jara Ramírez
- Universidad: Autónoma de barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 16/12/2004
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Jordi Barbé García
- Tribunal
- Presidente del tribunal: miquel Queralt reque
- pilar Cortes (vocal)
- pilar García rovira (vocal)
- Elena Miro (vocal)