Tesis doctoral de Fernando Ortega Saine
La construcción de un modelo que incluya todos los tipos de moléculas y que calcule exhaustivamente sus interacciones puede ser una tarea muy noble, pero aunque esto se pueda realizar, el resultado no sería estrictamente un modelo. La ventaja de la modelización es la de permitir identificar las características esenciales para el comportamiento que se esta estudiando. De este análisis surge la idea de agrupar distintos componentes celulares en módulos (bloques), donde cada uno de ellos tenga una función biológica. Así, de esta forma se podría estudiar el sistema de forma jerárquica a varios niveles. En un nivel se analiza como estos módulos interaccionan y en otro nivel se estudian como las distintas estructuras metabólicas se essamblan para formar un módulo. Es de las propiedades de las distintas estructuras metabólicas y de sus interaciones de donde emergen las funcionalidades de los bloques. el objetivo general de esta tesis es el desarrollo de nuevas herramientas para el análisis de las propiedades de redes metabólicas y/o de transducción de señales y su aplicación a mejorar la predicción de las respuestas del sistema a cambios en los parámetros así como la identificación de los requisitos mínimos, tanto estructurales como cinéticos, necesarios para generar comportamientos complejos en estas redes. Dentro del objetivo general expuesto descrito anteriormente se engloban distintas cuestiones que conforman el cuerpo de este trabajo. De manera mas detallada los objetivos específicos han sido los siguientes: i) extender el análisis del control metabólico con el fin de mejorar su capacidad de predecir los cambios de los valores de las variables del sistema, en respuesta a cambios no infinitesimales de las concentraciones de enzimas u otros parámetros. Ii) desarrollo de estrategias para la identificación de enzimas de una vía metabólica que presentan control sostenido en respuesta a un gran cambio en su concentración. Iii) analizar cuál es la estructura mínima de una red y cuales son los requisitos cinéticos que cada uno de los componentes deben cumplir para generar alta sensibilidad de respuesta. Iv) analizar mecanismos para la generación de biestabilidad e investigar posibles mecanismos que la generen.
Datos académicos de la tesis doctoral «Características cinéticas y estructurales que generan comportamientos complejos en redes metabólicas y de transducción de señales«
- Título de la tesis: Características cinéticas y estructurales que generan comportamientos complejos en redes metabólicas y de transducción de señales
- Autor: Fernando Ortega Saine
- Universidad: Barcelona
- Fecha de lectura de la tesis: 30/11/2004
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Francesc Mas Pujadas
- Tribunal
- Presidente del tribunal: fausto Sanz carrasco
- Luis Acerenza bianchi (vocal)
- joan Guinovart cirera (vocal)
- jordi Villí freixa (vocal)