Diseño de un nuevo algoritmo para búsqueda de patrones en secuencias biológicas

Tesis doctoral de Raquel Tobes Terán

Se han diseñado un conjunto de algoritmos basados en autómatas deterministas finitos especialmente orientados a secuencias biológicas: 1- autómata para búsqueda de patrones exactos 2- autómata traductor: traduce todas las «reading-frames» pasando cada letra de la secuencia una sola vez por el autómata. 3- autómata para comprimir textos 4- autómata contador: cuenta todas las k-tuplas solapantes. 5- autómatas busca-palabras compartidas: especialmente orientados a la búsqueda de similitudes locales dispersas independiente de alineamiento. todas estas herramientas son especialmente útiles estudiando secuencias biológicas para buscar patrones nuevos con significado funcional, para caracterizar grupos de secuencias y para buscar similitudes locales dispersas que pueden estar en la base de fenómenos de evolución convergente, mimetismo molecular y fenómenos autoinmunes. se han aplicado las máquinas busca-palabras compartidas para detectar una relación entre la app(proteína precursora de amiloide) y el bdnf (factor de crecimiento nervioso) que podría tener importantes repercusiones.

 

Datos académicos de la tesis doctoral «Diseño de un nuevo algoritmo para búsqueda de patrones en secuencias biológicas«

  • Título de la tesis:  Diseño de un nuevo algoritmo para búsqueda de patrones en secuencias biológicas
  • Autor:  Raquel Tobes Terán
  • Universidad:  Granada
  • Fecha de lectura de la tesis:  04/10/2000

 

Dirección y tribunal

  • Director de la tesis
    • Eduardo Pareja Tallo
  • Tribunal
    • Presidente del tribunal: obdulio López mayorga
    • joaquín Dopazo blázquez (vocal)
    • Rodriguez salas Antonio Jesús (vocal)
    • Juan Luis Ramos martin (vocal)

 

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