Tesis doctoral de Negrete Rodriguez José Antonio
A la hora de realizar el diseño de una proteína, es muy importante la correcta elección de los aminoácidos que van a formar parte de la secuencia.En primer lugar hay que elegir aquellos aminoácidos que tengan la mayor tendencia a estabilizar la estructura secundaria que queremos formar. Para ello, se emplean los parámetros de propensión de los aminoácidos, que son una medida de la tendencia que tienen los aminoácidos a estabilizar o desestabilizar una estructura secundaria concreta. Por otro lado, hay que distribuir dichos amonoácidos en la secuencia (en función del carácter hidrofóbico o hidrofílico de la cadena lateral), de manera que al plegarse la cadena polipeptídica, las interacciones de las estructuras secundarias entre sí y con el solvente sean óptimas. Para cada esructura ssecundaria, existen unas distribuciones óptimas o patrones de distribución característicos. el objetivo de esta tesis es profundizar en el estudio de los parámetros de propensión y de los patrones de distribución de los aminoácidos tanto para hélice alfa como para cadena beta. Para ello, se ha realizado un exhaustivo análisis estadístico de patrones de distribución y de parámetros de propensión en una muestra de 3863 hélices alfa (obtenidas a partir de 546 proteínas) y en una muestra de 6362 cadenas beta (obtenidas a partir de 834 proteínas). dicho análisis nos ha permitido obtener nuevas características de la hélice alfa y de la lámina beta en proteínas globulares y establecer así reglas útiles para el modelaje proteico. los resultados más relevantes obtenidos en esta tesis respecto al análisis de parámetros de propensión han sido: a,-demostrar la independencia de las propensiones de hélice alfa respecto la clase estructural. b,- demostrar la dependencia de las propensiones de cadena beta del tipo de lámina paralela o antiparalela. respecto al análisis de patrones de distribución de aminoácidos se han
Datos académicos de la tesis doctoral «Estudios sobre el descifrado del código estructural de las proteínas: propensiones estadísticas e información multirresidual«
- Título de la tesis: Estudios sobre el descifrado del código estructural de las proteínas: propensiones estadísticas e información multirresidual
- Autor: Negrete Rodriguez José Antonio
- Universidad: Rovira i virgili
- Fecha de lectura de la tesis: 16/05/2000
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Jaume Palau Albet
- Tribunal
- Presidente del tribunal: Juan Antonio Subirana torrent
- ignacio Fita rodriguez (vocal)
- enrique Querol murillo (vocal)
- antoni Romeu figuerola (vocal)