Tesis doctoral de José Ramon Lopez Blanco
Nuevos métodos para el ajuste flexible de estructuras macromoleculares a distintas resoluciones empleando modos normales de vibración en coordenadas internas. para entender a nivel molecular los procesos fisiológicos que tienen lugar en el interior de los seres vivos, existen gran variedad de técnicas experimentales que proporcionan información estructural detallada de sus constituyentes principales, las macromoléculas (proteínas y ácidos nucleicos, fundamentalmente). A pesar de que con cristal ografía de rayos x es posible conocer las posiciones de sus átomos, las condiciones en las que esto es posible son bastante limitadas. En cambio, la microscopía electrónica de transmisión y análisis de partículas individuales sí permite observarlas e n ambientes más parecidos a los fisiológicos, aunque con un nivel de detalle (o resolución) menor. Para compensar estas limitaciones y completar e integrar la información estructural a distintas resoluciones que proporcionan estas técnicas es posible ajustar una estructura atómica cristalográfica en el interior de un mapa de microscopía empleando métodos computacionales. Dado que las macromoléculas suelen ser estructuras flexibles que cambian de forma mientras llevan a cabo su función biológica, frecuentemente aparecen en conformaciones diferentes según la técnica y condiciones de observación. Por este motivo, en la mayoría de los ajustes resulta imprescindible incluir eficientemente la flexibilidad a la hora de generar los modelos ajustado s, sobre todo cuando se trata de complejos macromoleculares de gran tamaño. en este contexto se enmarcan dos de los tres objetivos principales de esta tesis: el desarrollo de la metodología del análisis vibracional (nma) en coordenadas internas (ci) y su aplicación al desarrollo de métodos de ajuste flexible. A pesar de que ya existen métodos de ajuste efectivos, la utilización de nma en ci constituye una novedad en este campo ya que presenta importantes ventajas respecto de las aproximaciones e n coordenadas cartesianas. En esencia, el nma en ci permite acelerar los cálculos, reducir los recursos computacionales necesarios y mantener implícitamente la estructura covalente de los modelos. Comparativamente, estas características confieren a l a herramienta de ajuste flexible desarrollada (imodfit) la capacidad de obtener modelos atómicos ajustados mejores o equivalentes a los obtenidos con otros métodos utilizando mapas experimentales a media o baja resolución. También se han diseñado e i
Datos académicos de la tesis doctoral «Nuevos métodos para el ajuste flexible de estructuras macromoleculares a distintas resoluciones empleando modos normales de vibración en coordenadas internas.«
- Título de la tesis: Nuevos métodos para el ajuste flexible de estructuras macromoleculares a distintas resoluciones empleando modos normales de vibración en coordenadas internas.
- Autor: José Ramon Lopez Blanco
- Universidad: Complutense de Madrid
- Fecha de lectura de la tesis: 20/03/2012
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Pablo Chacon Montes
- Tribunal
- Presidente del tribunal: Francisco Montero carnerero
- carmen San martín pastrana (vocal)
- José María Carazo garcia (vocal)
- modesto Orozco lópez (vocal)