Paralelizacion de algoritmos de comparacion de secuencias biologicas en grandes bases de datos.

Tesis doctoral de Oswaldo Trelles Salazar

Este trabajo se centra en la comparacion de secuencias biologicas de dna o de proteina, y en los aportes que desde la computacion de alto rendimiento hacemos para resolver problemas en las siguientes areas: matrices de puntos (dotplots): reformulacion de su analisis desde la perspectiva del procesamiento digital de imagenes, abriendo un conjunto nuevo de posibilidades en el area.Busquedas en bases de datos: desarrollo de una estrategia generica para la paralelizacion de los algoritmos de busqueda, con especial interes en los problemas de distribucion y balanceo del gran volumen de datos de las secuencias biologicas. La estrategia se ha mostrado portable a lo largo de diversas arquitecturas que van desde los cluster de estaciones de trabajo hasta los grandes supercomputadores. significancia estadistica: desarrollo de una propuesta eficiente para reproducir las distribuciones de semejanzas desde las cuales se evalua la significancia. el algoritmo se ajusta perfectamente a las estrategias de paralelizacion desarrolladas. alineamientos multiples: propuesta para reducir el enorme espacio computacional de este tipo de trabajos, con resultados plenamente satisfactorios y una implementacion en paralelo.

 

Datos académicos de la tesis doctoral «Paralelizacion de algoritmos de comparacion de secuencias biologicas en grandes bases de datos.«

  • Título de la tesis:  Paralelizacion de algoritmos de comparacion de secuencias biologicas en grandes bases de datos.
  • Autor:  Oswaldo Trelles Salazar
  • Universidad:  Málaga
  • Fecha de lectura de la tesis:  01/01/1996

 

Dirección y tribunal

  • Director de la tesis
    • José María Carazo Garcia
  • Tribunal
    • Presidente del tribunal: Jose Mira Mira
    • Francisco Tirado Fernández (vocal)
    • Francisca María Sanchez Jimenez (vocal)
    • Alfonso Valencia (vocal)

 

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