Tesis doctoral de Jose Canto Silva
El estudio presentado utiliza los metodos de la dinámica molecular para la caracterizacion del espacio conformacional de peptidos y propone cambios en el tratamiento de la información que se obtiene. las metodologías utilizadas son trayectorias de dinámica molecular y su implementación en el templado simulado iterativo (iterative simulated annealing) para la exploración del espacio conformacional, metodos de analisis estadistico no parametrico y tecnicas de analisis multivariante de clasificacion jerarquica. el método de las perturbaciones (fep window-grouth) de la dinámica molecular se utiliza para el cálculo de la energia libre relativa de solvatación. en el estudio se tratan cinco sistemas diferentes: a) la mentencefalina, sobre la cual se realizan tres estudios independientes: a.1)iterative simulated annealing a.2)generacion aleatoria de estructuras a.3)trayectoria de dinamica molecular. en el simulated annealing se proponen cambios en el tratamiento de la informacion obtenida (control y criterio de completitud, graficos de accesibilidad) y una nueva forma de realizar el analisis de clusters o conglomerados (single-link automatizado). La comparación con los resultados del proceso aleatorio y de la trayectoria de dinamica molecular permiten establecer la bondad de las modificaciones efectuadas y validar, de forma general, el simulated annealing como metodo. b) los péptidos de secuencia fwrgdlvfdfqv(12 residuos) y avyyctrgyhssly (15 residuos). El primero corresponde aun fragmento de la proteina vp3 de la capside del virus de la hepatitis a y el segundo a un fragmento de la zona variable de la cadena pesada del anti-idiotipo que imita el epitopo del determinante a del antigeno de superficie del virus de la hepatitis b. Sobre los dos se realiza una exploracion del espacio conformacional de baja energia con la tecnica del iterative simulated annealing y se comparan los resultados del analisis del cluster tradic
Datos académicos de la tesis doctoral «Utilizacio i desenvolupament metodologic d¿eines basades en la dinamica molecular aplciades a l¿estudi«
- Título de la tesis: Utilizacio i desenvolupament metodologic d¿eines basades en la dinamica molecular aplciades a l¿estudi
- Autor: Jose Canto Silva
- Universidad: Politécnica de catalunya
- Fecha de lectura de la tesis: 21/01/2000
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Juan Jesús Perez Gonzalez
- Tribunal
- Presidente del tribunal: sebastián Muñoz guerra
- núria Boada centeno (vocal)
- osorio Ibon alkorta (vocal)
- ernest Giralt lledo (vocal)