Tesis doctoral de Carlos Prieto Sánchez
En los últimos años, las ciencias biomoleculares están generando una cantidad inmensa de datos biológicos que solo pueden ser correctamente validados y estudiados por métodos bioinformáticos, que permiten el análisis y el tratamiento de la información con algoritmos y técnicas computacionales. el trabajo de investigación desarrollado en esta tesis doctoral, ha sido realizado en dos subáreas principales de investigación bioinformática: interacción de proteínas y expresión genómica. en el área de interacción de proteínas se ha creado una base de datos que integra y unifica información sobre interacciones demostradas experimentalmente procedente de diversos repositorios públicos. Esta base de datos se ha hecho pública a la comunidad científica mediante el desarrollo de una plataforma web (http://bioinfow.Dep.Usal.Es/apid) y de herramientas de visualización de redes de interacción que facilitan la deducción de nuevo conocimiento. Además se han definido estrategias y parámetros de validación de interacciones proteína-proteína, que miden su fiabilidad y filtran falsos positivos para obtener redes de interacción más precisas. en el área de expresión genómica, se ha desarrollado un método robusto que encuentra perfiles de expresión correlacionados en datos de microarrays de oligonucleotidos de alta densidad. Este algoritmo se ha empleado para inferir relaciones binarias entre genes y crear una red de coexpresión de genes humanos fiable, con la que se puede asignar funciones a genes no anotados y encontrar factores de transcripción comunes a módulos muy conectados de la red. Finalmente se han estudiado las alteraciones de los perfiles de expresión genómica producidas por estados patológicos o alterados. Para ello se ha implementado un algoritmo (alteredexpression) que encuentra grupos de genes con perfiles de expresión de alta variabilidad respecto a los controles normales no alterados.
Datos académicos de la tesis doctoral «Desarrollo y análisis bioinformático de mapas ómicos de interacción de proteínas y de coexpresión de genes: redes funcionales derivadas«
- Título de la tesis: Desarrollo y análisis bioinformático de mapas ómicos de interacción de proteínas y de coexpresión de genes: redes funcionales derivadas
- Autor: Carlos Prieto Sánchez
- Universidad: Salamanca
- Fecha de lectura de la tesis: 20/02/2009
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- JavierDe Las Rivas Sanz
- Tribunal
- Presidente del tribunal: eugenio Miguel angel Santos de dios
- federico Morán abad (vocal)
- alfonso Valencia herrera (vocal)
- florencio Pazos cabaleiro (vocal)