Tesis doctoral de Peregrin Alvarez José Manuel
La evolución de enzimas y rutas metabólicas ha sido objeto de intensos estudios. Sin embargo, hasta ahora estos trabajos previos sólo se han centrado en un pequeño número de familias de enzimas o rutas bioquímicas. En la presente tesis se describe la distribución filogenética de todo el complemento metabólico conocido de escherichia coli, utilizando un método basado en la comparación de secuencias frente a bases de datos taxón-específicas. la mitad de las enzimas metabólicas tienen homólogos en todos los dominios de la vida (archaea, bacteria y eucarya), representando familias involucradas en algunos de los procesos celulares más importantes. Con la presente tesis se demuestra, por primavera vez y de una forma exhaustiva, que el metabolismo se encuentra conservado a nivel de enzima. Además, el presente análisis sugiere que a pesar de la conservación de las secuencias y de la extensa distribución filogenética de las enzimas metabólicas, su agrupación en rutas bioquímicas es más variable de lo que previamente se pensaba. por otro lado, descubrimos recientes en el análisis de genomas han mostrado que la predicción computacional de la función de las proteínas en genomas completos no está limitada únicamente a los métodos de homología de secuencias. los métodos llamados «genome context» utilizan otra información de las secuencias de genomas completos para predecir la función de una proteína. estas predicciones se obtienen mediante la detección de la similitud existente entre pares de proteínas «componentes» y proteínas «compuesto» (proteínas fusionadas). Puesto que la cantidad de proteínas «compuesto» se encuentra limitada en la naturaleza, hemos aumentado este conjunto de proteínas mediante la creación de proteínas fusionadas «artificialmente» a partir de pares de proteínas cuya interacción se ha demostrado experimentalmente. El objetivo es estudiar la extensión filogenética de las interaccione
Datos académicos de la tesis doctoral «Genomica comparada de enzimas, rutas metabolicas y redes de interacción de proteínas«
- Título de la tesis: Genomica comparada de enzimas, rutas metabolicas y redes de interacción de proteínas
- Autor: Peregrin Alvarez José Manuel
- Universidad: Sevilla
- Fecha de lectura de la tesis: 03/07/2003
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Chamber Pérez Manuel Angel
- Tribunal
- Presidente del tribunal: Antonio Palomares díaz
- a. Ouzounis christos (vocal)
- Antonio Marín rodríguez (vocal)
- eloisa Pajuelo dominguez (vocal)