Tesis doctoral de José Ignacio Garzón Cañas
La tesis doctoral presentada ha estado enfocada a la obtención de aplicaciones que implementen eficientemente operaciones de ajuste (también denominado docking) en el campo de la biología estructural. Para ello, se ha enfocado el estudio a dos objet ivos principales: – diseño de aplicaciones de ajuste mediante una nueva metodología que proporciona una búsqueda más rápida. – adaptación óptima de las aplicaciones de ajuste para su ejecución sobre un entorno de computación grid. Esta adaptación p ermite hacer uso de las amplias capacidades computacionales proporcionadas por este paradigma, acelerando la búsqueda del mejor ajuste. Estas adaptaciones han requerido la creación de un nuevo sistema cache sobre sistemas grid que permitan un óptimo uso de las transferencias de datos realizadas. el diseño de nuevas aplicaciones para acelerar la búsqueda del mejor ajuste ha sido desarrollado empleando una novedosa metodología denominada fast rotational matching (frm). La búsqueda del mejor aju ste entre dos elementos implica la exploración de todas las posibles combinaciones de ambos objetos, lo que conlleva realizar tanto múltiples desplazamientos como rotaciones de uno de los objetos con respecto al otro. Por tanto, el espacio de búsqued a resulta muy amplio, resultando ineficiente su exploración sistemática. Frm permite acelerar esta exploración en el espacio de posibles rotaciones mediante una adecuada representación de los objetos mediante esféricos armónicos. Empleando esta metod ología, se han diseñado dos aplicaciones que resuelven problemas de ajuste de distintas características: – adp_em: realiza un ajuste de elementos a distinta resolución, encajando estructuras atómicas sobre mapas a baja resolución. Esto permite model ar la estructura atómica de complejos macromoleculares a partir de sus componentes conocidos o de moléculas homólogas. – frodock: esta aplicación realiza el ajuste entre estructuras atómicas de proteínas, permitiendo predecir la conformación en la que interaccionan. estas aplicaciones, a su vez, han sido convenientemente adaptadas a una realización paralela que permita emplear múltiples recursos computaciones proporcionados por el paradigma grid. De esta forma, se ha realizado la paral elización de la aplicación adp_em para realizar concurrentemente y de forma óptima el ajuste de distintas estructuras sobre un mismo mapa a baja resolución. Por su parte, frodock ha sido adaptado para permitir la exploración concurrente de distintas
Datos académicos de la tesis doctoral «Desarrollo de nuevas metodologías para el ajuste de estructuras tridimensionales en biomoléculas sobre infraestructuras grid«
- Título de la tesis: Desarrollo de nuevas metodologías para el ajuste de estructuras tridimensionales en biomoléculas sobre infraestructuras grid
- Autor: José Ignacio Garzón Cañas
- Universidad: Complutense de Madrid
- Fecha de lectura de la tesis: 27/01/2010
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Pablo Chacon Montes
- Tribunal
- Presidente del tribunal: ignacio Martín llorente
- María de los santos Pérez hernández (vocal)
- Juan Fernández recio (vocal)
- José María Carazo garcia (vocal)