Tesis doctoral de Natalia Jiménez Lozano
La microscopía electrónica junto con las técnicas de reconstrucción ha emergido en los últimos años como una poderosa metodología dentro del campo de la determinación de estructuras macromoléculas biológicas. Los microscopistas son conscientes de los potenciales de esta técnica que no sólo permite la elucidación de grandes complejos macromoleculares que son difíciles de estudiar mediante las técnicas de alta resolución, sino también la observación de cambios conformacionales sutiles que se dan frecuentemente en las macromoléculas cuando llevan a cabo sus funciones biológicas y cuando se unen a diferentes sustratos. La ausencia de conclusiones estructurales obtenidas mediante la comparación de conjuntos de datos numerosos y diversos resueltos mediante 3d-em, nos animó a desarrollar y aplicar algunas herramientas. Como consecuencia se creó la base de datos femme para sentar las bases metodológicas e infraestructurales que permitieran un análisis exhaustivo de los volúmenes de 3d-em indpendientemente de la resolución alcanzada en cada estudio. la base de datos femme almacena información geométrica y topológica extraída a partir de los volúmenes 3d-em mediante una serie de herramientas basadas en aplicaciones previas de la teoría de alfa-formas al análisis de las coordenadas atómicas. Los datos procesados siguiendo esta metodología se han almacenado en la base de datos femme. el tipo de información estructural almacenada para cada entrada de femme está referida a canales, cavidades (cavidades internas -huevos- o cavidades externas -o bolsillos-), superfice y topología de las macromoléculas. Estas propiedades estructurales pueden ser extraídas fácilmente a partir de la representación en alfa-formas de la macromoléculas. La superficie y la topología son inherentes a la representación en alfa-formas. Para la detección y extracción de cavidades externas y canales, se aplicaron métodos basados en
Datos académicos de la tesis doctoral «Enfoque multirresolución para la búsqueda y extracción de características estructurales en macromoléculas«
- Título de la tesis: Enfoque multirresolución para la búsqueda y extracción de características estructurales en macromoléculas
- Autor: Natalia Jiménez Lozano
- Universidad: Autónoma de Madrid
- Fecha de lectura de la tesis: 23/03/2004
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- José María Carazo Garcia
- Tribunal
- Presidente del tribunal: José María Valpuesta moralejo
- Gálvez ruíz m. José (vocal)
- Oliver jiménez José l. (vocal)
- Luis Menendez arias (vocal)