Tesis doctoral de Martín Fernández M. Jesús
En esta tesis hemos desarrollado herramientas bioinformáticas para estudiar diversos aspectos relacionados con la variabilidad de los organismos aportando soluciones para datos con diversos grados de complejidad, desde secuencias individuales hasta genomas. 1,- una herramienta para detectar la región de tamaño mínimo cuyo contenido informativo pueda ser suficiente para una reconstrucción filogenética correcta. el método está basado en la comparación de distancias genéticas entre pares de secuencias, obtenidas a partir de un grupo de referencia, con aquellas obtenidas para diferentes ventanas de tamaño y posición variable mediante un índice sencillo. Además, hemos presentado dos procedimientos estadísticos para comprobar si el contenido informativo de las regiones seleccionadas con esta herramienta es significativamente distinta del contenido correspondiente mostrado por las regiones genómicas utilizadas como referencia. Con esta herramienta hemos identificado regiones cuyo contenido informativo no es significativamente distinto del mostrado por las secuencias completas en las proteínas vp1 y p1 del virus de la fiebre aftosa y en proteínas del virus del sida. 2,- una herramienta para detectar selección positiva en proteínas de genomas virales altamente variables. El método está basado en el cálculo de la tasa media de mutaicones no sinómicas frente a las sinónimas (ns/s), y en su representación en función de las distancias genéticas entre las secuencias comparadas. Con esta herramienta, hemos obtenido superficies en las que se pueden identificar regiones con selección positiva en zonas antigénicas de la proteína vp1 del virus de la fiebre aftosa. 3,- una herramienta para representar perfiles de conservación de genes entre genomas completos. Estos perfiles permiten visualizar, en genomas secuenciados completamente, diferentes características del organismo estudiado y, al mismo tiempo, revelar caracte
Datos académicos de la tesis doctoral «Herramientas bioinformáticas aplicadas al estudio de la variabilidad genética y de la genómica comparativa«
- Título de la tesis: Herramientas bioinformáticas aplicadas al estudio de la variabilidad genética y de la genómica comparativa
- Autor: Martín Fernández M. Jesús
- Universidad: Autónoma de Madrid
- Fecha de lectura de la tesis: 09/12/2000
Dirección y tribunal
- Director de la tesis
- Joaquin Dopazo Blázquez
- Tribunal
- Presidente del tribunal: jose Fernandez piqueras
- Antonio Marín rodríguez (vocal)
- Francisco Sobrino castello (vocal)
- cecilio López galíndez (vocal)